Mường Tè có đường biên giới tiếp giáp với Trung Quốc dài 130,292km đi qua 6 xã (Pa Ủ, Ka Lăng, Thu Lũm, Mù Cả, Tá Bạ, Pa Vệ Sử), tiếp giáp với các huyện Giang Thành, Lục Xuân, Kim Bình (Trung Quốc)... nên Mường Tè có vị trí đặc biệt quan trọng về an ninh - quốc phòng và bảo vệ chủ quyền biên giới quốc gia.

Huyện Mường Tè có 14 đơn vị hành chính gồm thị trấn Mường Tè và 13 xã: Bum Nưa, Bum Tở, Vàng San, Kan Hồ, Pa Vệ Sử, Mường Tè, Nậm Khao, Tà Tổng, Pa Ủ, Ka Lăng, Thu Lũm, Mù Cả, Tá Bạ.

Do chịu ảnh hưởng lớn của hoạt động kiến tạo địa chất nên Mường Tè có địa hình rất phức tạp, mức độ chia cắt sâu và ngang rất mạnh bởi các dãy núi cao chạy dài theo hướng Tây Bắc - Đông Nam, phổ biến là kiểu địa hình núi cao và núi trung bình xen lẫn thung lũng. Trong đó nhiều đỉnh có độ cao trên 2.000m như đỉnh Phu Xi Lung (3.076m), Pu Tà Tổng (2.109m).

Khí hậu Mường Tè mang đặc điểm của vùng nhiệt đới núi cao Tây Bắc, ít chịu ảnh hưởng của bão, thời tiết chia thành 2 mùa rõ rệt: mùa đông lạnh, mưa ít và mùa hạ nóng ẩm, mưa nhiều.